Kościół św. Stanisława Kostki położony był w północnej części skarpy, w obrębie posiadłości jezuitów, które znajdowały się poza ówczesnym miastem. Około 1612 roku wybudowano drewniany kościół który został zniszczony przez pożar w 1696 roku. Budowę dużego, murowanego kościoła w stylu barokowym rozpoczęli jezuici w 1621 roku od położenia kamienia węgielnego. Budowa trwała bardzo długo Przez trzy lata wyciągnięto mury dwa łokcie ponad ziemię, gdy w 1624 roku nadeszła epidemia, która pochłonęła dwunastu jezuitów poświęcających się pielęgnowaniu chorych i spowodowała wielkie spustoszenie w całym społeczeństwie. Prace budowlane musiano przerwać. Później brakowało pieniędzy na dokończenie robót. Niezabezpieczone fundamenty niszczały. Budowlę sfinalizowano dopiero w 1732 roku zakończono ją dopiero kosztem Szembeków w 1732 roku. W 1774 roku kościół przejęli pijarzy. Świątynia była bardzo duża, wsparta na filarach, składała się z trzech obszernych naw. Nagrobków nie było żadnych. Kościół posiadał dwie wysokie wieże, na jednej z nich zegar.
W 1850 r. uznano, że kościół popijarski popadł w taką ruinę, iż przebywanie w nim groziło niebezpieczeństwem. Kolegium kościelne ewangelickie poprosiło kolejny raz o tymczasowe pozwolenie odprawiania nabożeństw w opuszczonym kościele, „gdyż Ewangelicy takiego niebezpieczeństwa wcale się nie lękają”. Dopiero w sierpniu 1853 r. zapadła decyzja o przekazaniu na potrzeby ewangelików mocno zrujnowanego kościoła popijarskiego w Łomży, przyznając im 3 tysiące rubli na remont.. Po przeprowadzeniu niezbędnego remontu pierwsze nabożeństwo odbyło się w nim 31 X/12 XI 1854 r. W pobliżu odnowionego kościoła ewangelickiego od dawna działało kilka szynków, co ewangelikom specjalnie nie przeszkadzało, ale było niezgodne z przepisami.
Około 1880 roku zarządzono zdjęcie wież, według jednej wersji dlatego, że górowały nad nowo wybudowaną w 1877 roku cerkwią na dzisiejszym pl. Jana Pawła II. Według innej wersji, były po prostu zniszczone i groziły zawaleniem.
W kolejnych latach ewangelicy wybudowali przy kościele wozownię (na karawan i sprzęty pogrzebowe) oraz zakupili dwa domy i place na dom dla pastora i szkołę parafialną, w której nauka zaczęła się w 1860 r. Nieco później przebudowano świątynię .
Niemieckie władze okupacyjne, chcąc uzyskać większą pojemność wyrównawczego zbiornika wody znajdującego się na wieży Ratusza, nakazały do tego celu adoptować wieżę kościoła (popijarskiego) przy ulicy Rządowej. W dwóch wieżach tego kościoła nadbudowano po jednej kondygnacji i zainstalowano dwa zbiorniki stalowe o pojemności 150 m3 wody. Do eksploatacji w 1944 roku włączono tylko jeden zbiornik znajdujący się na wieży od strony ulicy Zjazd.
W 1944 roku świątynia została zburzona przez Niemców, którzy urządzili w niej skład zboża. Po kościele pozostały tylko ruiny i fundamenty.
W pierwotnym drewnianym kościele został pochowany tymczasowo jeden z głównych fundatorów, Adam Kossobudzki, starosta łomżyński i wojewoda mazowiecki, który zmarł nagle 25 lipca 1629 r. Pogrzeb odbył się dopiero 9 stycznia 1630 roku. Być może w podziemiach kościoła pochowani byli i inni fundatorzy kościoła św. Stanisława Kostki.
W kościele p/w. św. Stanisława Kostki w Łomży Józef Piłsudski z miłości do Marii Juszkiewiczowej która była rozwódką wyznania ewangelicko – augsburskiego więc uroczystość w kościele katolickim nie była możliwa. Józef klemens Piłsudski zmienił wyznanie z rzymskokatolickiego na ewangelicko – augsburskie w dniu 24 maja 1899 roku o godzinie 10 rano w obecności świadków Tytusa Mikulskiego, dwudziestu jeden lat, technika, i Fryderyka Szymańskiego, lat trzydziestu sześciu, zakrystianina, obu przebywających w Łomży. Przysięgę przyjął pastor Kacper Mikulski
Na placu po kościele wybudowano w latach sześćdziesiątych hotel „Polonez – Gromada”.
Tak podają wszystkie dostępne źródła. Kościół ewangelicki pobudowany był blisko ulicy Zjazd, naprzeciwko obecnego budynku Rządowa 2. Hotel zaś jest naprzeciwko ulicy Krótkiej. Być może był to jeszcze plac kościelny, ale nie plac po kościele.
1. Kościół i jego wygląd od chwili jego oddania do użytku do 1880 roku, czyli do zdjęcia wież.
2, 3. Kościół ewangelicki po zdjęciu wież, koniec XIX I początek XX wieku.
4, 5. Ulica Rządowa i najbliżsi sąsiedzi Kościoła.
6. Kościół po podwyższeniu wież i zamontowaniu zbiorników na wodę w czasie II światowej.
7. Ruiny Kościoła po wysadzeniu przez Niemców w 1944 roku.
8. Plac obecnie.
Opracował Henryk Sierzputowski na podstawie:
Witold Jemielity – Dzieje Łomży Tysiącletnie
Donata Godlewska – dzieje Łomży od czasów najdawniejszych do rozbiorów Rzeczypospolitej XI w. – 1795 r.
Muzeum Północno – Mazowieckie w Łomży
3572 Ogólnie 1 Dziś
